Inaugurada em 1910 com o nome de Estação de Capivary, posteriormente rebatizada para Estação de Vila Parado, a Estação de Lídice só foi receber seu nome atual em junho de 1944. Na ocasião, o distrito recebeu este nome em homenagem à vila da República Tcheca que foi completamente destruída durante a 2ª Guerra Mundial.
O transporte regular de passageiros foi encerrado no ano de 1980. Entre 1992 e 1996 uma conexão turística entre Lídice e o município de Angra dos Reis, chamada de Trem da Mata Atlântica, esteve em operação. Passageiros da época descreviam as paisagens do trajeto como sendo de muitas belezas. Local do Atrativo