Inaugurada em 1910 com o nome de Estação de Capivary e mais tarde rebatizada como Estação de Vila Parado, a Estação de Lídice só recebeu o nome atual em junho de 1944. Na altura, o distrito recebeu este nome em homenagem à aldeia da República Checa que foi completamente destruída durante a 2.ª Guerra Mundial.
O transporte regular de passageiros terminou no ano de 1980. Entre 1992 e 1996, esteve em funcionamento uma ligação turística entre Lídice e o município de Angra dos Reis, chamada Trem da Mata Atlântica. Os passageiros da época descreviam as paisagens do percurso como sendo de grande beleza. Local da Atração