Inaugurada en 1910 con el nombre de Estación de Capivary, posteriormente renombrada como Estación de Vila Parado, la Estación de Lídice solo recibió su nombre actual en junio de 1944. En esa ocasión, el distrito fue nombrado en homenaje a la villa de la República Checa que fue completamente destruida durante la Segunda Guerra Mundial.
El transporte regular de pasajeros se suspendió en 1980. Entre 1992 y 1996, estuvo en funcionamiento una conexión turística entre Lídice y el municipio de Angra dos Reis, llamada Tren de la Mata Atlántica. Los pasajeros de la época describían los paisajes del trayecto como de gran belleza. Explora los senderos que pasan por esta atracción